雖然根瘤菌能為作物提供氮營養，但豆科作物生長的早期，根瘤菌發揮作用之前，還應根據土壤肥力適量為作物補充氮肥。另外，當豆科植物轉入生殖階段后，大量的同化物質向籽實積累，此時根瘤衰敗，固氮作用減弱。

除此以外，磷有利于根瘤的發育和提高根瘤的固氮能力，所以要重視施用磷肥。

適量的鉀、鈣營養有利于微生物的大量繁殖。低pH條件下加入Ca2+可以使苜蓿結瘤提前，結瘤率提高。因此，施用基肥時注意施用一定的量的鉀肥和富泰威鈣粉，補充鉀鈣營養，并能調節土壤pH環境。

鉬是根瘤菌合成固氮酶不可少的元素，鉬肥能加強根瘤菌的活性,促進根瘤的形成與生長，因此，推薦禾豐鉬與根瘤菌混合拌種，濃度在0.1%～0.05%即可滿足作物對鉬營養的需求。需要注意的是，任何鉬肥與根瘤菌混合拌種的濃度均不要超過0.3%，否則會對某些根瘤菌有抑制作用。

硼也是豆科作物需求量較大的養分。可采用基施富泰威顆粒硼500～1000克/畝，或者在花前、結莢期葉噴禾豐硼1000倍溶液的方式補充硼營養。

另有研究表明，鐵營養會影響根瘤數、根瘤重以及固氮活性。鐵在土壤中容易被固定，噴施硫酸亞鐵又容易在空氣中被氧化，因此可以在噴施時加入高效助劑如展透，鐵吸收效率能有效提高。