土地增值稅清算一般有兩種計算方法，下面分別稱為甲計算法和乙計算法。這兩種方法納稅人不能任意選用，但不同的計算方法和計算口徑，給納稅人帶來的稅負卻不同。

甲計算法，指在同一個房地產開發項目中，先按普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產品等，單獨采用房開產品銷售收入比例或房開產品定額成本比例或其他合理方法，分別計算各房開產品的增值額與扣除項目金額，據以計算各房開產品應納的土地增值稅。持甲計算法觀點的納稅人，依據是《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）規定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行計算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位進行清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。

乙計算法，指在同一個房地產開發項目中，以國家有關部門審批的房地產開發項目（包括普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產品等）為單位，先統一核算該房地產開發項目的增值額與扣除項目金額。然后再按房開產品銷售收入比例或房開產品定額成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、門面房和車庫等其他房開產品中分配增值額與扣除項目金額，據以計算各房開產品應納的土地增值稅。持乙計算法觀點的納稅人，依據是增值稅暫行條例實施細則第八條“土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算”的規定。

現筆者就同一房地產開發項目應納的土地增值稅，對比甲、乙兩種計算法帶來的不同稅負結果。

湖北省隨州市某房地產開發有限公司，2006年1月1日～2012年6月30日，土地增值稅清算項目總建筑面積124326.5平方米，不可售面積6078.34平方米，可售面積118248.16平方米，已銷售面積99670.04平方米，其中普通住宅已售31363.73平方米，非普通住宅已售27432.49平方米，其他開發產品（包括門面房、車庫等）已售40873.82平方米，未出售面積18578.12平方米。

經核實，該單位2006年1月1日～2012年6月30日期間，實現銷售收入26485.56萬元，其中：普通標準住宅4018.75萬元，非普通標準住宅3829.78萬元，其他開發產品18637.03萬元。在該項目土地增值稅清算中，按發生合理總成本在已售、未售產品之間分配，已售產品應分攤的扣除項目金額為24721.54萬元，其中：取得土地使用權所支付的金額3409.48萬元，房地產開發成本14455.96萬元，房地產開發費用1786.54萬元（按取得土地使用權所支付的金額和房地產開發成本之和的10%計算），與轉讓房地產有關的稅金1496.47萬元，財政部規定的加計20%扣除數3573.09萬元，土地增值總額＝26485.56-24721.54＝1764.02（萬元）。

甲計算法：在同一個房地產開發項目中，先按房開產品明細單獨計算增值額與扣除項目金額，然后分別計算各房開產品應納的土地增值稅。1.普通標準住宅：轉讓收入4018.75萬元，應扣除項目金額為7065.01萬元，其中：取得土地使用權所支付的金額1072.88萬元，房地產開發成本4187.07萬元，房地產開發費用＝（1072.88+4187.07）×10%＝526（萬元），與轉讓房地產有關的稅金227.07萬元，財政部規定的加計20%扣除數1051.99萬元，增值額＝4018.75-7065.01＝-3046.26（萬元），增值額為負數，不用繳納土地增值稅。

2.非普通標準住宅：轉讓收入3829.78萬元，應扣除項目金額為6348.61萬元，其中：取得土地使用權所支付的金額938.40萬元，房地產開發成本3778.70萬元，房地產開發費用471.70萬元，與轉讓房地產有關的稅金216.39萬元，財政部規定的加計20%扣除數943.42萬元，增值額＝3829.78-6348.61＝-2518.83（萬元），增值額為負數，不用繳納土地增值稅。

3.其他開發產品：轉讓收入18637.03萬元，應扣除項目金額為11307.92萬元，其中：取得土地使用權所支付的金額1398.20萬元，房地產開發成本6490.19萬元，房地產開發費用788.84萬元，與轉讓房地產有關的稅金1053.01萬元，財政部規定的加計20%扣除數1577.68萬元，增值額＝18637.03-11307.92＝7329.11（萬元），增值率＝7329.11÷11307.92＝64.81%，應繳土地增值稅＝7329.11×40%-11307.92×5%＝2366.24（萬元）。

因此，采用甲計算法合計應繳土地增值稅2366.24萬元，已繳528.3萬元，應補1837.94萬元，負擔率＝2366.24÷26485.56＝8.93%。

乙計算法：在同一個房地產開發項目中，先統一核算該房地產開發項目的增值額與扣除項目金額，然后分別計算各房開產品應納的土地增值稅。

1.普通標準住宅：普通標準住宅轉讓收入4018.75萬元，占銷售收入總額的比率＝4018.75÷26485.56＝15.17%，應計算的增值額＝該項目土地增值總額×該類收入比率＝1764.02×15.17%＝267.60（萬元），應扣除的項目總額＝4018.75-267.60＝3751.15（萬元），增值率＝267.60÷3751.15＝7.12%，未超過20%，按照土地增值稅暫行條例第十一條“納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅”的規定，依法免繳土地增值稅。

2.非普通標準住宅：轉讓收入3829.78萬元，占銷售收入總額的比率＝3829.78÷26485.56＝14.46%，應計算的增值額＝1764.02×14.46%＝255.08（萬元），應扣除的項目總額＝3829.78-255.08＝3574.70（萬元），增值率＝255.08÷3574.70＝7.14%，應繳土地增值稅＝76.52（萬元）。

3.其他開發產品：轉讓收入18637.03萬元，占銷售收入總額的比率＝18637.03÷26485.56＝70.37%，應計算的增值額＝1764.02×70.37%＝1241.35（萬元），應扣除的項目總額＝18637.03-1241.35＝17395.68（萬元），增值率＝1241.35÷17395.68＝7.14%，應繳土地增值稅＝372.38（萬元）。

因此，采用乙計算法合計應繳土地增值稅＝76.52+372.38＝448.90（萬元），已繳528.3萬元，應退79.4萬元，負擔率＝448.90÷26485.56＝1.69%。與第一種情況相比，普通標準住宅、非普通標準住宅、其他開發產品的增值率都相等，該房地產開發項目的應納土地增值稅減少金額＝2366.24-448.90＝1917.34（萬元）。

甲、乙兩種計算法雖然都有各自的理由，但土地增值稅清算不能在甲計算法和乙計算法中任意選用。 

說明：以上文字資料來源于2013年5月20日稅務報，作者：李先成、陳進軍。甲乙兩種計算方法均有法規依據，但是據汪本良注冊會計師的了解：很多省市已經取消第二種計算方法，第二種計算方法在現實中比較難被稅務機關接受。