現代醫學認為，皮膚癬、灰指甲是皮膚癬菌感染引起，而藿香、紫蘇、白芷、桔梗分別對多種致病真菌有較強的抑制作用，故而在臨床中治療頭癬、手足癬、灰指甲有較好的療效。

可用藿香正氣水涂擦患處，每日1-2次，有條件每日多擦幾次。5天為一療程，一般1～2個療程即可見效。

中醫一般分為暑癤和多發性癤病，認為是內郁濕熱、血熱或外受風熱暑邪而成；現代醫學認為是葡萄球菌感染所致。

而藿香正氣水中的紫蘇等成分有抑制葡萄球菌的作用，此外，藿香芳香化濕，白芷發表、祛風、勝濕，能散郁除濕，治療癤及癤病。可用棉簽蘸藿香正氣水，一日多次涂擦患部。

中醫認為，白癜風是風濕兩邪侵入毛孔，以致氣血癌滯、毛竅閉塞而成。而藿香正氣水有芳香通竅、促使氣行的作用。

每日用凈布蘸藿香正氣水涂擦患部，微微用力，反復蘸擦至皮膚微紅為度，一日2次。

因藿香正氣水是由抗多種致病菌和殺滴蟲的藿香、紫蘇、白芷、生姜等藥組成，故治療外陰瘙癢有較好的療效。

以藿香正氣水1克：50克兌涼開水清洗外陰，男女皆可用。不但有止癢療效，而且有一種清爽感。

先將患處洗凈，每次用藿香正氣水2支加涼開水1000毫升，以藥棉擦洗，每日2次。在炎癥期發作時，有消炎止痛、促使其萎縮的作用。

藿香含揮發油，能促進胃液分泌，增強食欲和消化機能，并對胃腸有解痙、防腐作用，故有芳香健胃之功。

紫蘇、生姜、陳皮，均能使消化液分泌增加，抑制腸內異常發酵，促進積氣排出，故可加強主藥藿香行氣健胃之力。

藿香及生姜均具有促進發汗之功；紫蘇有解熱之效，合而能解表祛濕。

桔梗所含皂甘，及陳皮所含揮發油，均有剌激性祛痰作用；半夏的鎮咳作用明顯；甘草則既能祛痰，又能鎮咳；陳皮對氣管及支氣管有輕度擴張作用，而有助于平喘。

藿香正氣水(液)具有解表化濕、理氣和中的作用，可以緩解消化不良、嘔吐、腹瀉等胃腸道不適。

每次服10毫升，每天3次，能夠緩解水土不服癥狀。

可用棉簽蘸取藿香正氣水，直接外涂肚臍，或將藥液敷于肚臍內，有一定的預防作用。

夏天冷風吹多了，會受寒感冒，或腹痛、腹瀉。這些癥狀可內服藿香正氣水（液）緩解。

用適量的藿香正氣水外涂患部3—5分鐘，很快就能消除瘙癢。

用藿香正氣水外涂皮損處，每天3—5次，連用3~5日，對帶狀皰疹也有效。