云南之戰第一階段以明軍攻克曲靖為結束，整個云南門戶洞開。傅友德在拿下曲靖后再次分兵，由沐英和藍玉繼續率軍西進，自己則領數萬人馬北上策應川蜀攻烏撒方面的明軍。梁王把匝剌瓦爾密得知曲靖失守，乃把自己的女兒嫁給大理渠長段得功，想要仰仗大理的援軍抵抗明軍?？墒俏绦鰞扇擞稚酉?，梁王把匝剌瓦爾密懷疑自己的女婿不軌，便殺了段得功，這下大理方面就不和梁王玩了。梁王把匝剌瓦爾密自知大勢已去便帶著自己的妻子兒女前往滇池一起投水自盡，算是沒有辱沒自己黃金家族的名聲。沐英同藍玉抵達昆明后不費吹灰之力拿下了昆明，然后分略各郡縣，云南大勢已定。

     雖然西進之明軍取得了最終的勝利，但是傅有德這路卻遇到了麻煩，川蜀方面之明軍從永寧南下抵達赤水河的時候，元右丞聚兵以拒。當時正值雨季，赤水河河水暴漲，胡海與郭英便決定造木筏半夜渡河，殺了元軍一個措手不及大敗元軍。而傅友德則先一步抵達烏撒，抵達烏撒的傅友德也不急著進攻當地元軍，而是原地筑城，據險以守，畢竟自己就這么點人，元軍人多勢眾而且對當地熟悉，貿然開戰對己方不利。元軍也謹慎異常，一邊召集當地諸蠻，一邊圍著傅友德，等到諸蠻同蒙古的聯軍聯合在一起后開始天天在明軍營前叫陣。這些跟隨傅友德征伐云南的明軍精銳何曾受過這種氣，紛紛請戰。傅友德一概不許。但是明軍士氣高漲，天天跪在營前請求出戰，傅友德覺得軍心可用，下令曰：“我軍深入，有進無退，彼既遁而復合，心必不一，并力剿之，破之必矣。若使彼據險自固，未易克也?！泵鬈姶笈e出擊，同元軍列陣相對，隨后明軍鼓噪前行同元軍大戰十余回合，諸蠻將領多墜馬身死，首領一死諸蠻則群龍無首一哄而散，明軍趁勢全力進攻大破諸蠻，斬首三千余級，獲馬六百匹。于是東川、烏蒙、芒部諸蠻震詟，皆望風降附。

     朱元璋于洪武十五年正月十三日收到捷報，元宵節當天做出批示，置貴州都指揮使司、貴州宣慰使司，置云南布政使司、云南都指揮使司，改中慶路為云南府，同時在烏撒、烏蒙、東川、芒部、建昌之地留駐重兵威懾諸蠻酋長。

     除了在云南設置自己的行政機構外，首先，明朝對云南東北部的行政區劃進行了調整。針對這一地區羅羅聚居、土官勢力強盛且桀驁難馴的特點，為了減緩征南大軍的壓力，使其集中精力應對云南的復雜局面，洪武十六年正月，“以云南所屬烏撒、烏蒙、芒部三府隸四川布政使司”， 第二年五月又“割云南東川府隸四川”。

     其次，建立以土官為主、流官佐貳的地方政府。洪武十六年二月，烏撒、烏蒙、東川、芒部諸部土酋率眾一百二十人進京朝貢，朱元璋“詔各授以官，賜朝服、冠帶、錦綺、鈔錠有差。其烏撒女酋實卜，加賜珠翠”，任命烏撒諸部原有羅羅土官為土知府，讓他們繼續統治當地民眾。不久，又于烏蒙府“設流官通判、經歷、照磨各一員”，東川府“添設流官通判、經歷、照磨各一員”，烏撒府“設官與烏蒙、東川同”，添設流官到土知府中任副職，對土官起輔助和監督作用。這樣，明王朝在烏蒙等地形成衛所與土府參設、流官與土官參用的統治方式。

     最后，教化羅羅土官。洪武十五年，朱元璋諭與烏撒毗鄰的普定土知府：“今爾既還，當諭諸酋長，凡有子弟皆令入國學受業，使知君臣父子之道，禮樂教化之事，他日學成而歸，可以變其土俗同于中國”。允許羅羅土官的子弟未經考試即可入國子監讀書。烏撒、烏蒙、芒部軍民府土官知府曾先后派其子弟入國子監讀書，“洪武二十三年七月，烏撒軍民府土官知府阿能遣其弟忽山及羅羅生二人請入國子監讀書”，“九月烏蒙、芒部二軍民府土官，遣其子以作、捕駒等人請入國子監讀書”，明王朝“各賜鈔錠”、“賜以衣鈔”，給予優厚的待遇，以示鼓勵。

     明朝還實行移民就寬鄉的政策，組織漢族移民到云南屯田。謝肇淛《滇略》記載：“高皇帝既定滇中，盡徙江左良家閭右以實之，及有罪竄戍者，咸盡室以行”?！兜嵩茪v年傳》也說：“洪武十七年，移中土大姓以實云南”而楚雄府“自前明洪武十六年，傅、沐二公平定后，留兵鎮守，太祖又徙江南閭右以居之”，大理府“逮明初削平段氏總管，遷中土大姓以實云南，而吳越間漢族來者紛紜踵至”。結合明清地方志的記述來看，以民屯形式進入云南僰人地區的漢族人口數量必定不少。為了彌補云南衛所軍糧之不足，明朝還開展了“鹽商中納”的商屯，吸引部分鹽商招募內陸漢族佃戶到云南屯田，以所獲糧食補給軍隊，換取食鹽牟利。這些商屯戶“也如同軍屯戶、民屯戶一樣，即此落籍云南，成為當時漢族移民中的一部分”。安寧、大理、楚雄、永昌等地是中納的重點地區，可能有大部分商屯戶留居。

     這些漢族移民，不論是軍事移民還是其它類型的移民，他們原本就是熟練掌握農耕技術的農民或擁有一技之長的工匠和各類專業人員，他們大多來自社會經濟比較發達的江南、湖廣、山東、山西等地，他們進入云南，不僅帶來了當時內陸比較先進的生產技術，而且注入了封建經濟的生產關系，隨著生產的擴大而壯大了云南封建地主經濟實力，極大的促進了云南的經濟發展與先進文化開發。

     但是畢竟地處偏遠，憑借那個年代的交通與通訊能力，明朝很難進一步加強對于云南邊陲的控制，所以朱元璋就想到了在內陸玩的分封制度，同時也效仿元朝梁王世鎮云南的例子，打算派人世代鎮守云南。最后他選了很久，終于選定了自己的養子沐英。

     沐英于洪武南征之后就一直留在云南鎮守了十年之久，只有洪武二十二年才得以回京一次，在這十年里，洪武十七年沐英平定佐酋作亂，洪武二十年平浪穹蠻，洪武二十二年平定思倫發叛亂，就是此戰中，沐英發明了著名的三段擊戰術擊敗了敵方的象陣。朱元璋也不得不感嘆，“使我高枕無南顧憂者，汝英也?！本瓦@么一位對明朝和朱家忠心耿耿的名將，最后在得知皇太子朱標去世后，傷心欲絕最終因此事一病不起追隨朱標而去。沐英在云南去世的時候，明史記載“軍民巷哭，遠夷皆為流涕?！辈贿^最后沐英還是得以歸葬京師，追封黔寧王，謚昭靖，侑享太廟。而沐家的子孫則為了沐英對明朝的忠誠，一守就是兩百多年，一直到末代黔國公沐天波為明朝在緬甸流干了最后一滴血，沐家才不得已結束了自己使命逐漸消失在歷史的長河之中。