大雄寶殿后，有一南北長約六十米、東西寬約三十米的大院落。院落南為二層大雄寶殿、北為六層萬佛樓，東西為各自二層廂房。站在寶殿后的二樓平臺上舉目北望，世界上佛教寺院內中軸線上最大的石雕佛像赫然在目。清末湘軍將領曾國荃曾親手種植的兩棵銀杏樹在大佛前面。

  這尊石刻大佛像在毗盧寺萬佛樓正前方，高8.8米。佛像法身高6.6米，體態端莊，面容莊嚴慈祥。和雙手合十、盤膝而坐的常見造型不同，這尊佛像左膝立起，右腿屈著，看上去形態自在安詳。這尊佛像就叫“觀自在”，是唐玄奘翻譯過來的，就是“觀世音” 的意思。

  萬佛樓共分六層，底樓由祖堂、齋堂、碑廊、轉經筒、趙樸初故居、古都美術館等組成。一樓為法堂、文殊殿、普賢殿等；二樓為藏經樓、地藏樓、觀音殿；三樓為千手觀音供奉處，東西露臺刻有浮雕放生圖、二十四孝圖；四樓為萬佛樓，供藏鎮寺之寶。

  文殊殿位于一樓東部，文殊菩薩是釋迦牟尼華嚴三圣法身毗盧遮那佛的左脅侍，佛龕高5米，由紅木雕刻而成，兩側壁有兩千尊小的文殊佛像。

  一樓正中是法堂，乃高僧講經之所。佛祖端坐于法堂正中的法臺上，法臺正后方的九龍屏風，長四米，高兩米，九龍圖案雕刻得栩栩如生。

  一樓西部為普賢殿，供奉著騎著白象的普賢菩薩，普賢是大徹大悟、普度眾生的意思，背后的壁畫是從敦煌石窟復制而來的，兩側壁有兩千尊小佛像。

東廂房是“東方三圣藥師殿”，西廂房是“西方三圣殿”。 由東西廂房到萬佛樓有長廊相連。

西方三圣殿

東方三圣藥師殿