【原】集合多種功能的轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)

醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)百科 2021-01-08

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我們知道基因在表達(dá)的過(guò)程當(dāng)中，收到很多因素的調(diào)控。其中轉(zhuǎn)錄因子對(duì)于基因的調(diào)控就是其中的一種方式。目前對(duì)于轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究，在高通量測(cè)序方面主要還是通過(guò)類似chip-seq這類的方式來(lái)進(jìn)行研究。對(duì)于轉(zhuǎn)錄調(diào)控的預(yù)測(cè)主要也是看是否存在某一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)庫(kù)。目前已經(jīng)有了很多轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的調(diào)控的數(shù)據(jù)庫(kù)。比較經(jīng)典的有：JASPAR、CHEA3等等。今天就來(lái)介紹一個(gè)新發(fā)表的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)。hTFtarget(http://bioinfo.life./hTFtarget#!/)。

1. 內(nèi)置數(shù)據(jù)介紹

之前我們?cè)诮榻BENCODE時(shí)候也介紹過(guò)，這個(gè)組織做了多種轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)。另外還有一些其他作者可能做的新的轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)儲(chǔ)存于SRA數(shù)據(jù)庫(kù)。所以作者就收集了這兩個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq數(shù)據(jù)(569個(gè)轉(zhuǎn)錄因子)。在收集好數(shù)據(jù)之后，經(jīng)過(guò)了常規(guī)的流程化分析之后，就得到所有轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的基因?；谏厦娣治龅慕Y(jié)果，進(jìn)而構(gòu)建了這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

2. 主要功能介紹

這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)不僅可以檢索轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的基因，還可以檢索某一個(gè)基因收到那些轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控。另外也可以多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子之間對(duì)那些基因存在共調(diào)控關(guān)系。功能還是比較豐富的。所以今天就來(lái)介紹一個(gè)這個(gè)新的數(shù)據(jù)庫(kù)吧

2.1 轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控基因查詢

如果我們有目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子，想要查看這個(gè)轉(zhuǎn)錄音主要調(diào)控那些基因的話，可以使用這個(gè)功能。在這個(gè)功能里面，我們可以直接瀏覽所有的轉(zhuǎn)錄因子，選擇自己想要看的轉(zhuǎn)錄因子以及相對(duì)應(yīng)做的結(jié)果的細(xì)胞系，

然后點(diǎn)擊Details即可獲得在具體細(xì)胞系當(dāng)中目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子可能調(diào)控的基因了。

2.2 尋找目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子

如果我們想要查找一個(gè)基因收到什么轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的話，可以使用這個(gè)功能，我們只需要輸入想要查找的基因即可。在搜索到目標(biāo)基因之后，點(diǎn)擊details即可獲得所有相關(guān)的結(jié)果。

2.3 共調(diào)控查詢

我們知道一個(gè)基因肯定不止收到一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控，同時(shí)一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子也調(diào)控多個(gè)基因。如果我們想要查詢多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子都調(diào)控哪些基因的話，可以嘗試使用這個(gè)功能。我們要做的就是輸入想要查詢的基因即可。例如我們想要查詢MYC和GATA1這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控哪些基因。在輸入完，點(diǎn)擊提交之后，就可以獲得相關(guān)的基因了。

2.4 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)性查詢

有時(shí)候我們?cè)谘芯恳粋€(gè)轉(zhuǎn)錄因子的時(shí)候，想要知道這個(gè)轉(zhuǎn)錄因子和哪些轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的基因相似。這個(gè)時(shí)候就可以使用這個(gè)功能了。在這個(gè)界面，我們的需要點(diǎn)擊界面左側(cè)的具體細(xì)胞系，然后選擇目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子即可。