李氏治學，博采眾長而不偏執一家。他十分重視陰陽水火的相互關系。認為陰陽水火是萬物之本，而于人身之中即是氣血。水火宜交不宜分，水火的升降出入，運動不止，推動了萬物的生長和發展。在水火陰陽的關系中，陰雖根于陽，陽雖根于陰，然陰陽二者，陽于生命活動尤為重要。既然陽于人體如此重要，因此，氣血陰陽俱虛者，補氣補陽當在其先，提出“氣血俱要，而補氣在補血之先；陰陽并需，而養陽在滋陰之上”的論調。李氏重陽氣的思想，與張介賓之說頗為—致。不過，張氏重陽氣主張溫補腎命，而李氏強調補氣補陽藥的運用而已。正因為李氏重視先后二天，因此其臨床多從脾腎入手，重視先后二天的調理。其治療內傷雜病，諸如補中益氣湯、四君子湯、附子理中湯、六味地黃丸、金匱腎氣丸等均為習用之劑。

李中梓在臟腑辨證方面特別重視脾和腎，他在《醫宗必讀》中專以“腎為先天之本脾為后天之本”的命題展開討論，對后世的影響很大。

李中梓認為，治病求本，即要掌握生命之本。而生命之本，不外乎先天之本與后天之本兩個方面。先天之本在腎，“腎為臟腑之本，十二脈之根，呼吸之本，三焦之源，而人資之以為始者也。”腎精充盛，則臟腑之精充足。而元氣又是諸氣之本。無論臟腑之氣，經脈之氣，均以元氣為根。故爾，要保全生命，必須保護先天腎中精氣。與此同時，后天脾胃也是十分重要的。他說：“餉道一絕，萬眾立散。胃氣—敗，百藥難施。一有此身，必資谷氣，谷氣入胃，灑陳于六腑而氣至，和調于五臟而血生，而人資之以為生者也。故曰后天之本在脾。”其基本思想，與李東垣脾胃為元氣之本的認識相一致。既人在生長過程中，需時刻依賴水谷之氣的不斷資養，五臟六腑由于水谷之氣的不斷資養才得以發揮其功能作用。而水谷之氣的化生有賴于脾胃，故脾在人體生命活動過程中至關重要。

既然脾腎在人體生命活動過程中至關重要，故李氏在診斷、治療諸方面，十分重視先后二天虧損的調治。認為脈法需強調胃、神、根。胃氣與腎氣之盛衰，確是人體生命之根本。故診脈需重視脈中胃氣與腎氣之盛衰，確是診法中最關鍵之處。至于治療，李中梓則接受李東垣、趙獻可、薛已諸家之說，從脾腎先后二天入手。故其在《醫宗必讀·腎為先天本脾為后天本論》中說：“治先天根本，則有水火之分，水不足者，用六味丸壯火之主，以制陽光；火不足者，用八味丸益火之源，以消陰翳。治后天根本，則有飲食勞倦之分，飲食傷者，枳術丸主之。勞倦傷者，補中益氣湯主之。”六味、八味二方，本為趙獻可善用補腎命水火之劑，而枳術丸、補中益氣湯又是李東垣補脾胃之神劑。薛氏宗二家之說，先后天并重，李氏對此十分贊嘗，故說“每見立齋治癥，多用前方，不知者妄議其偏，惟明于求本之說，而后可以窺立齋之微耳。”因此，其治病宗薛氏之法，取方于六味、八味、枳術、補中益氣諸方之間，效果顯著。

李中梓治病脾腎并重，可謂在虛損病證的治療中，求得其本，集前人諸家理論與經驗之大成者。其學一傳沈朗仲，二傳馬元儀，三傳尤在涇，均為明清時期較有影響的大醫家，與李氏之學的影響不無關系。