ChIP簡介：ChIP是染色質免疫沉淀技術（Chromatin ImmunoPrecipitation assay）的簡稱，屬于免疫沉淀技術的一種，用于檢測蛋白質與DNA的相互作用。 染色質免疫沉淀技術的一個重要用途是研究某個轉錄因子A（可以是發生某些特定修飾，如磷酸化、乙酰化等修飾的蛋白）是否調控其預期靶基因B的特定轉錄調控區（主要是啟動子區域）。下面就以利用ChIP研究轉錄因子對基因的調控為例進行闡釋。 檢測水平：轉錄水平調控 原理及操作流程：染色質免疫沉淀技術的原理及一般操作流程為： 1. 在活細胞狀態下，使用交聯劑（常為甲醛）將蛋白質-DNA復合物固定下來； 2. 然后通過理化方法（常為酶消化法或者超聲破碎）將這種復合物中的DNA隨機切割為一定長度范圍內的染色質小片段； 3. 繼續使用蛋白質A的特異性抗體I（一般要求ChIP級別）處理，將含有蛋白質A的蛋白質-DNA片段特異性標記； 4. 再利用一種可以結合抗體的Protein A（一般偶聯到分選柱和磁珠上，便于分離），將含有抗體的復合物從作用體系中富集分離出來，未被抗體標記的蛋白質-DNA則被洗脫去除； 5. 將得到的抗體-蛋白質-DNA復合物解交聯，純化富集其中的DNA片段； 6. 利用針對目的基因B轉錄調控區的特異性引物（一般設計多個位點，覆蓋多個區域）進行PCR（以前多為半定量PCR，現在隨著設備的升級，使用熒光定量PCR也逐漸普及）等手段檢測，如果其中有PCR檢出陽性則表明蛋白質A可以與基因B的轉錄調控區有結合（可以是直接也可以是間接結合，具體區分還需要進行進一步的EMSA檢測），而具體的結合位點就在引物覆蓋區域及其周邊位置。  ChIP-on-chip衍生技術：ChIP-on-chip有時也稱ChIP-chip，要注意其中的大小寫因為它們代表的意義不同，其中前一個ChIP表示染色質免疫沉淀技術，后一個chip表示基因芯片技術。與普通的染色質免疫沉淀技術的最大區別在于，染色質免疫沉淀技術主要用于蛋白質和DNA兩者都已經明確的情況下，研究蛋白質A和目標基因B之間的結合關系；而ChIP-on-chip則用于只給定蛋白質A尋找它可能結合的靶基因，可以得到與蛋白質A結合的DNA片段集合，一般用于篩選一個蛋白的下游靶基因。 |
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