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《科學(xué)》:癌癥液體活檢大突破!哈佛團(tuán)隊發(fā)明ctDNA“穩(wěn)定劑”,可十倍提升ctDNA收集率,小腫瘤檢測靈敏度從10%提升至75%

 Zsy20151225 2024-01-22 發(fā)布于廣東

*僅供醫(yī)學(xué)專業(yè)人士閱讀參考

“滴血驗癌”這個美夢,我們可真是做了好久了。

理論上來說,血液中的游離DNA(cfDNA)含有來自腫瘤的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA),以此為材料進(jìn)行癌癥篩查大有可為。

但實際上,cfDNA含量低降解快,很難滿足檢查需要。

cfDNA的半衰期僅有30-120分鐘。標(biāo)準(zhǔn)抽血的10ml血液中,大約可以分離出5ml血漿,平均每毫升能夠提供10ng cfDNA,相當(dāng)于約15000個單倍體基因組當(dāng)量(GE)。

對于晚期癌癥患者,ctDNA在cfDNA中的占比可達(dá)10%;但在局晚患者中,這一比例驟降至0.1-1%;至于早期癌癥患者或經(jīng)治患者,ctDNA比例可能還不足0.1%。

顯然,ctDNA含量低的患者才是液體活檢篩查受益的大頭,但也正是這部分患者的血液樣本,ctDNA含量根本不足夠進(jìn)行有效的檢測。研究數(shù)據(jù)顯示,對1期癌癥,基于ctDNA的篩查試驗敏感性僅有20-40%。

有什么辦法能讓微量的ctDNA“顯形”呢?

本周,《科學(xué)》雜志發(fā)表了一項來自麻省理工學(xué)院和博得研究所科學(xué)團(tuán)隊的新成果,研究者們從ctDNA的降解環(huán)節(jié)入手,開發(fā)了一種雙成分的預(yù)處理劑,通過脂質(zhì)納米顆粒和單克隆抗體與cfDNA的結(jié)合,減少cfDNA被巨噬細(xì)胞吞噬和核酸酶降解。

實驗中,提前1-2小時注射預(yù)處理劑,即可將采集的ctDNA提升10倍以上,隨后利用ctDNA進(jìn)行的腫瘤分析,更是可以將檢測小腫瘤的靈敏度從不足10%提升至75%以上!

研究者將這種預(yù)處理劑類比為活檢界的造影劑,希望它能夠大幅度提高液體活檢的臨床實用性。

《科學(xué)》:癌癥液體活檢大突破!哈佛團(tuán)隊發(fā)明ctDNA“穩(wěn)定劑”,可十倍提升ctDNA收集率,小腫瘤檢測靈敏度從10%提升至75%
《科學(xué)》:癌癥液體活檢大突破!哈佛團(tuán)隊發(fā)明ctDNA“穩(wěn)定劑”,可十倍提升ctDNA收集率,小腫瘤檢測靈敏度從10%提升至75%

論文題圖

為了增加提取到的樣本量,科學(xué)家們已經(jīng)想出了不少方法。比如說血漿置換,但它需要專業(yè)的設(shè)備、非常耗時,也不適用于危重患者;還有一種思路是在離腫瘤更近的區(qū)域采樣,例如在膀胱癌患者的尿液中采集cfDNA;還可以使用體內(nèi)干預(yù)手段,比如聚焦超聲或放射療法,增加ctDNA脫落。

先不談經(jīng)濟(jì)問題,后兩者可行的基礎(chǔ)是已知腫瘤位置,這顯然是不適用于癌癥篩查的。

《科學(xué)》:癌癥液體活檢大突破!哈佛團(tuán)隊發(fā)明ctDNA“穩(wěn)定劑”,可十倍提升ctDNA收集率,小腫瘤檢測靈敏度從10%提升至75%

研究者從頭理了一下cfDNA和ctDNA的誕生與消失,覺得后者還是大有可為的。ctDNA的降解和清除主要依賴核酸酶降解、腎臟排泄和單核吞噬細(xì)胞系統(tǒng)(MPS),如果能夠延緩ctDNA消失,采集自然會變得容易很多。

研究者想出了兩種辦法。

第一,循環(huán)中的cfDNA與組蛋白結(jié)合,形成直徑約11nm的納米微粒,研究者設(shè)計了一個相似的納米脂質(zhì)體,可以與cfDNA競爭被MPS吞噬,這就能夠減少cfDNA的清除;第二,使用單克隆抗體與cfDNA結(jié)合,可以避免它被核酸酶降解。

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在小鼠中進(jìn)行的實驗證實了兩種方法的有效性,單獨使用均可將注射后1小時采樣到的cfDNA樣本量大幅度提升。

在MC26肺轉(zhuǎn)移小鼠中,注射預(yù)處理劑同樣能夠顯著增加血漿cfDNA含量。在腫瘤進(jìn)展的第1/2/3周,采集的cfDNA濃度分別為對照的7/14/28倍;對樣本進(jìn)行1822種腫瘤特異性單核苷酸變異(SNV)分析,三個時間點鑒別出的突變數(shù)量分別為4/19/60倍。

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脂質(zhì)納米顆粒能顯著提升cfDNA濃度和腫瘤相關(guān)突變的檢出量

以2 SNV為閾值,低腫瘤負(fù)荷小鼠很難檢出腫瘤,但在使用了脂質(zhì)納米顆粒預(yù)處理劑后,75%小鼠被檢出了。

類似的,單抗預(yù)處理劑處理后,以2 SNV為閾值,檢測低腫瘤負(fù)荷或微小殘留病水平的ctDNA(約為1-10/百萬),僅需0.33ml血樣,遠(yuǎn)低于常規(guī)抽血。

此外,預(yù)處理劑對cfDNA的影響時間并不長,實驗中24小時即可恢復(fù)正常水平。這意味著患者的使用場景的確非常類似造影劑,在血檢前1-2小時注射并很快被身體代謝掉。

當(dāng)然,這種預(yù)處理劑在人體中的應(yīng)用效果和耐受性還需要進(jìn)一步研究證實。

參考資料:

[1]https://www./doi/10.1126/science.adf2341

[2]https://www./doi/10.1126/science.adn1886

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本文作者丨代絲雨

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